苹果黑星病属省级检疫病害，主要危害苹果叶片、果实、花器及嫩梢。防治措施如下：
1）严格检疫
引进苗木和接穗时，要实地考察，严格检疫，严防带病植株或品种传入本地。同时，严禁带病苗木、接穗或果实出售到其他果区，切实做到从源头上禁止病菌传播。
2 ）彻底清园
此病菌在叶片上越冬，冬季要清扫地面落叶，做到全园不留一片叶，集中烧毁或深埋；同时，清除果园杂草、枯枝、病僵果等杂物，做到彻底清园，减少病源。在生长季节，发现比较严重的病叶或病果，最好及时摘除深埋，减少病菌进一步传播和蔓延。
3） 喷药防治
喷药防治是控制病害的关键措施。花期前后喷药是重点。苹果花器最易感染病菌，开花前后是控制初侵染的关键时期。花序分离期，喷布10%多抗霉素可湿性粉剂1000～1500倍液，落花期喷布50%异菌脲可湿性粉剂1000倍液，落花后一周喷布40%氟硅唑乳油8000倍液，兼防苹果花腐病、苹果霉心病。一般这次防治彻底后, 后面病害就轻的多了。套袋前后喷药是控制。
6、7月份随着降雨增多，气温较高，成为发病盛期，是第二个防治关键期。选用43%戊唑醇3000～4000倍液、10%苯醚甲环唑水分散颗粒剂2000倍液、12.5%烯唑醇可湿性粉剂2000倍液等药剂，轮换使用，间隔期10天左右。田间病菌传播侵染一直持续到8月，所以8、9月继续喷药防治是确保全年安全生产的必要措施。选用40%腈菌唑可湿性粉剂6000倍液、波尔多液1：(1.5～2) 、50%醚菌酯水分散粒剂5000倍液等药剂，轮换使用，间隔期10～14天。