生理性病害是由于非生物因素的作用造成，树体的某一部分生理代谢失调而发生的病害。非生物因素通常包括生长环境条件不良或栽培措施不当，如高温、高湿、土壤pH过高或过低。这类病害不会传染，一旦环境改善，病害症状便不再继续。
一、水心病
又叫果蜜病，俗称糖化病，是果实上发生的一种生理病害，多发生于成熟的果实上。主要特点是果肉充满水浸状、半透明的液体，病果外表与正常果相同，病斑可发生在果肉的任何部位。当发病严重时从果实外部可见病斑，病果皮呈水浸状，透明似蜡，病组织败坏变褐色，味苦，失去食用价值，最后果肉变软腐烂。
二、苦痘病
又称苦陷病，是果实上常发生的一种生理病害，多发生在成熟果实上。症状在果实近成熟时开始出现，病斑多发生在近果顶处，靠果柄一端则较少发生。病部果皮下的果肉产生褐色病斑，外部颜色深，在红色品种上现暗紫红色斑，在绿色品种上现深绿色斑。后期病的部位果肉干缩，表皮坏死，会显现出凹陷的褐斑，深达果肉2～3毫米，有苦味。轻病果一果上有3～5处，重病果多达7～8处。
三、裂果病
裂果的发生部位、开裂方式和开裂形状多种多样，在果实的梗洼部、中部、萼洼部均可发生裂果。根据裂果发生的部位和形状，可将其分成半圆型、纵裂型、.横裂型、放射型和混合型等5种类型。
四、缩果病
指成熟的果实表面高洼不平，有的果实已失去了该品种应有的形状和特征，剖开果实可见凹陷部位的果肉呈褐色海绵体状，有的果实在凹凸的果面上出现了裂纹，还有的果实变成了畸形果的生理现象。
五、黑心病
果心内部发生褐变的一种生理病害，病果的外表和正常果实无异。黑心病常发生于果实贮藏期，这与果实入库时降温变化幅度有关，采收太早或太晚也会导致果实黑心病发病的多发，轻度黑心病只果心变褐，尚可食用。适期采收，入贮果经不同温度预冷可减轻黑心病的发生。
六、顶腐病
果实萼端发生的一种生理性病害，常在果实成熟期发生，在发生在贮藏期。症状：果实萼端出现深褐色晕环，逐渐扩大，颜色加深，严重时病斑可及果顶的大半部，完全失去商品价值。此病多发生于西洋梨的品种上。
七、粗皮病
粗皮病是果实上发生的一种性理性病害，果面凸凹不平，呈橘皮状，轻者症状只发生在萼端，重者可遍及大部分果面。果实成熟后，病果萼端由绿变黄的速度减慢，形成“绿头果”或称“青顶果”。还有果农称其为“硬头果”、“皱皮果”等，采收之前达到高峰。此病多发生在库尔勒香梨上。
八、木栓病
发病部位先木栓化，再发生褐变而形成病斑，病斑略凹陷，形状不规则。病斑最初硬韧、较小，绿褐色，后期颜色变深，部分病斑可扩大至直径1.0厘米，一般病斑直径介于0.1～1.0厘米。发病重时，病斑常重叠相交，连成大斑。病斑果皮下果肉出现棕褐色，组织绵软，呈海绵状。