1、物理防治[防治是一个汉语词汇，拼音为fáng zhì，译为预防和治疗或预防和治理。]：巢虫是蜡螟[蜡螟 （Galleria mellonella）是鳞翅目、螟蛾科、蜡螟亚科的昆虫，会危害毛皮和植物，常见危害蜂群的有大蜡螟和小蜡螟两种，分布遍及世界各地。]的幼虫，蜡螟有趋光性[生物趋光性是一种生物对光靠近或远离的习性，也是生物应激性的一种，是长期自然选择的结果。]，因此可利用黑光灯[光灯是一个汉语词语，读音是guāng dēng，是指明亮的灯火。]诱杀蜡螟，具体操作时黑光灯要设计成内外两层，外层孔格比蜜蜂小以防蜜蜂扑灯，内层接入电源用于杀死蜡螟。
2、药物[药物是用以预防、治疗及诊断疾病的物质。]防治：巢虫危害严重时可以采用药物防治，例如可用二硫化碳[二硫化碳 ，无色液体。]、甲酸、二**硫[二**硫（化学式SO2）是最常见、最简单的硫**物。]等熏闷巢脾[蜜蜂的巢是用蜡板来造的，数张板状物从蜂箱上部垂到下面，其两面排列着整齐的六角形蜂房，称之为巢脾。]和蜂箱[蜂箱是养蜂过程中供蜜蜂繁衍生息的处所，是最基本的养蜂工具。]，也可在蜂箱内部悬挂巢虫清木片，还可向受害巢脾喷洒康宽巢虫净等药物。
3、生物防治[生物防治（biological control），就是利用一种生物对付另外一种生物的方法。]：巢虫在自然界中有很多的天敌，例如球孢白僵菌[白僵菌是一种子囊菌类的虫生真菌，主要种类包括球孢白僵菌和布氏白僵菌等，常通过无性繁殖生成–分生孢子，菌丝有横隔有分枝。]、苏云金芽孢杆菌、核型多角体病毒等微生物，蜡螟绒茧蜂、麦蛾绒茧蜂、蜡螟大腿小蜂等寄生性[寄生性为寄生物为了自身生长发育而必须从活体寄主的细胞和组织中获取生活物质（水分、养分等物质）的生物特性。]蜂类都是巢虫的天敌。
综上所述，巢虫是中蜂最常见的害虫，防治巢虫主要有物理防治、药物防治、生物防治等方式，其中物理防治是指用黑光灯诱杀蜡螟，药物防治是指用二硫化碳等熏闷、悬挂巢虫清木片或喷洒巢虫净等药物，而生物防治则是利用蜡螟绒茧蜂等天敌防治巢虫。